SCR催化剂的氧化特性使燃用含硫煤的锅炉的脱硝反应器也会将 SO2氧化为 SO3： 2SO2 + O2 → 2SO3 。SO2氧化率受烟气中 SO2浓度、反应器温度、催化剂质量、催化剂的结构设计及配方的影响。SO3的产生率正比于烟气中 SO2的浓度。增加反应温度也会加快 SO2的氧化，当温度超过 371℃时，氧化速率将迅速增加。SO2氧化速率也与反应器中催化剂的体积成正比，因此，为获得高的脱硝效率和低的氨逃逸而设计的反应器也会产生更多的 SO3。

SO3与催化剂组分及烟气组分反应，形成固体颗粒沉积在催化剂表面或内部，缩短催化剂寿命。 SCR反应器产生的 SO3增加了烟气中 SO3的本底浓度。